In de volgende deelparagrafen bespreken we de verschillende soorten allomorfie die niet door algemene fonologische regels bepaald zijn. De hierboven gegeven voorbeelden zijn soms gevallen van stamallomorfie: de stam van een woord (1.4.1), die de basis vormt voor inflectie en woordvorming, heeft dan meer dan een klankvorm. Een veel voorkomende vorm van stamallomorfie zien we in samenstellingen (1.4.2). Zo eindigt het woord koning als eerste deel van een samenstelling vrijwel altijd op een s:

Stamallomorfie vinden we ook op grote schaal terug in aan andere talen ontleende woorden (1.4.3). Een voorbeeld daarvan is de volgende set van morfologisch verwante woorden behorend bij het werkwoord poneren:

Het zelfstandig naamwoord positie hoort bij het werkwoord poneren, maar de vorm van de stam van het zelfstandig naamwoord is niet pon- maar pos-. Deze allomorfie is afkomstig uit de taal van oorsprong van deze woorden, het Latijn. Als we kijken naar positie en de daarbij horende gelede woorden, het werkwoord positioneren en het adjectief positioneel, dan zien we dat het grondwoord, dat in isolatie de vorm positie heeft, voor de uitheemse suffixen -eer en -eel de vorm position- heeft. De extensie -on beschouwen we als deel van het grondwoord, omdat het terugkeert in alle daarvan met een uitheems suffix afgeleide woorden. Het Latijn kende al de alternantie positio/position. De vorm op n is de oudste. In het Latijn werd de n aan het woordeinde weggelaten, maar deze bleef woordintern bewaard.

Prefixen (1.4.4) en suffixen (1.4.5) kunnen ook allomorfie vertonen. Het aan het Latijn ontleende prefix con- heeft bijvoorbeeld een aantal allomorfen, zoals te zien in com-motie, con-sistent, coŋ-claaf, cor-relatie, col-lega, en co-activatie.

Een bekend voorbeeld van suffix-allomorfie in het Nederlands is die van het verkleinwoordsuffix, dat vijf allomorfen kent: -tje, -je, -etje,-pje, en -kje, zoals te zien in de volgende verkleinwoorden:

De keus van een van de allomorfen wordt bepaald door de fonologische vorm van het grondwoord. Zo treedt -je op na een grondwoord dat eindigt op een obstruent, en -pje na een m voorafgegaan door een gespannen klinker.

Ook het suffix -er, dat onder meer gebruikt wordt voor inwonersnamen, kent allomorfen, zoals te zien in de volgende inwonersnamen:

Ook voor deze allomorfie geldt dat die niet volgt uit algemene fonologische regels. Dat betekent niet dat er hier geen fonologische regelmatigheden te ontdekken zijn. Zo komt de allomorf -der na stammen die op een r eindigen zoals Bijlmermeer, en de allomorf -aar na een stam die eindigt op een onbeklemtoonde lettergreep met een coronale medeklinker (l, r, n) aan het eind, zoals Diemenaar.