Dat er voor het Nederlands geen een-op-eenrelatie is tussen fonemen en letters, komt door een drietal factoren: (i) het gebrek aan lettertekens, (ii) het beginsel van vormovereenkomst (1.8.1), en (iii) het beginsel van etymologie (1.8.2).

In de eerste plaats zijn er niet genoeg aparte lettertekens voor alle klanken van het Nederlands. Zo zijn er geen aparte letters voor ongespannen en gespannen klinkers. De gespannenheid van een klinker in een gesloten lettergreep wordt daarom aangegeven door een lettercombinatie, zoals aa of oe. De ongespannenheid van een klinker wordt voor een enkele volgende medeklinker aangegeven door verdubbeling van de volgende medeklinkerletter, als in bakker, een woord dat slechts één k bevat, maar geschreven wordt met kk. Er is ook geen aparte letter voor de sjwa (ə), en die wordt daarom meestal als e gespeld, zoals in het woord de, maar als ee in het onbepaald lidwoord een

Dit lidwoord komt historisch van het telwoord een en.

, als i in het suffix -ig, als ij in het suffix -lijk, en als u in een woord als Dokkum. Voor de medeklinkers x en ŋ zijn er geen aparte letters, en gebruiken we een lettercombinatie, respectievelijk ch en ng.

Maar de ŋ wordt als n gespeld voor k, ɡ, ɣ als in dank, tango, Kongo.

Dit gebrek aan letters is een van de redenen waarom we grafotactische regels (1.8.4) nodig hebben, die de correspondentie tussen fonemen en letters nader regelen, zoals de hierboven al genoemde regel van verdubbeling: een enkele medeklinkerletter wordt verdubbeld na een letter voor een ongespannen klinker, waardoor we bijvoorbeeld het woord bakker spellen met kk.

De spelling van het woord bakker laat zien dat de orthografische vorm van een woord wordt berekend in twee stappen. Eerst wordt een fonologische vorm omgezet in een voorlopige orthografische vorm op basis van de correspondentie tussen fonemen en letters: bɑkər wordt baker. Daarna kan die orthografische vorm nog worden aangepast op basis van grafotactische regels, zoals de regel van verdubbeling: bakker.

Zie Nunn (1998).

Het beginsel van vormovereenkomst houdt in dat morfemen op dezelfde manier gespeld worden, ook als ze in verschillende omgevingen verschillend worden uitgesproken. Daarom wordt bijvoorbeeld het morfeem hoed, gebruikt in de enkelvoudsvorm [hut] en de meervoudsvorm [hudən], steeds gespeld als hoed, zowel in hoed als in hoeden. Een ander voorbeeld van vormovereenkomst is dat het morfeem act altijd wordt  gespeld met een t, waarmee in de uitspraak een t (als in acteur) of een s (als in actie) correspondeert.

De klankveranderingen in de geschiedenis van het Nederlands en ontlening van woorden uit andere talen vormen de derde factor die maakt dat de correspondentie tussen klanken en letters niet een-op-een is. Dit geldt bijvoorbeeld voor de tweeklanken ɛi en ɔu, tweeklanken met een verschillende historische oorsprong, die twee daarmee corresponderende spelvormen hebben: ei of ij en ou of au. Dit is het beginsel van de etymologie.

Een overzicht van de spellingregels wordt gegeven in de Inleiding van de Woordenlijst der Nederlandse Taal (ook wel aangeduid als Het Groene Boekje ). Het Groene Boekje bevat de officiële spelling van het Nederlands: het eerste deel, de Leidraad, geeft de regels, en in de Woordenlijst en op het uitgebreidere woordenlijst.org  zijn honderdduizenden correct gespelde woorden en woordvormen te vinden. Daarnaast is er een door de Taalunie gepubliceerde Technische Handleiding . De Technische Handleiding is uitgebreider en expliciteert de principes achter de schrijfwijze van een groot aantal woorden.

In spelling geven we niet alleen fonemen weer. Het gebruik van hoofdletters is een voorbeeld van niet-fonologische spellingconventies (1.8.7). Dit gebruik wordt soms gemotiveerd door de betekenis (bijvoorbeeld om te markeren dat een woord een eigennaam is), maar er is ook een syntactische motivatie, namelijk het markeren van het begin van een zin. Ook interpunctie is deel van de spelling, en deze geeft informatie over de bouw van zinnen. Bij het afbreken van een woord aan het eind van een regel maken we gebruik van een ander type informatie: de lettergreepgrenzen in woorden. In het Nederlands breken we een woord af aan het eind van een lettergreep (zie 1.8.4.2 Afbreekconventies). Zo wordt het woord werking afgebroken als wer-king, terwijl het corresponderende Engelse woord working wordt afgebroken op basis van een morfologische grens, als work-ing.