Bij flexie wordt aan de stam van een woord een suffix toegevoegd dat bestaat uit een of meer medeklinkers (-s, -t, -d, -st) of een sjwa bevat (-e, -en, -end, -er, -de, -te). De toevoeging van deze klanken heeft geen effect op de toepassing van de Regel voor hoofdklemtoon. Flexie is dus klemtoonneutraal. Je kunt ook zeggen dat het fonologisch materiaal van flexiesuffixen extrametrisch is, en dus buiten het driesyllabevenster valt, en daardoor geen effect heeft op de plaats van de hoofdklemtoon. In een woord als ólifanten, de meervoudsvorm van ólifant, valt daardoor de hoofdklemtoon op de voor-voor-voorlaatste syllabe.

Dat flexie klemtoonneutraal is, geldt ook voor de flexie van gelede woorden: de locatie van klemtoon moet steeds berekend worden op basis van de klankvorm van de stam van een woord, het gedeelte zonder de flexiesuffixen. Zo is het mogelijk dat in een geleed woord de hoofdklemtoon valt op een syllabe vóór de laatste drie, zoals in de volgende afgeleide bijvoeglijke naamwoorden:

In deze woorden volgen op de syllabe met hoofdklemtoon nog vier onbeklemtoonde syllaben, allemaal met een sjwa als klinker.

Uitzonderingen op het klemtoonneutraal zijn van flexie zijn woorden op -on en -or, zoals elektron en professor. Deze woorden hebben twee meervoudsvormen. In de meervoudsvorm met -s wordt de klinker van de laatste syllabe ongespannen uitgesproken, als ɔ, en in de meervoudsvorm met -en als de gespannen klinker o; in het laatste geval verschuift de klemtoon naar rechts:

Beide meervoudsvormen van deze woorden volgen de regel dat meervoudsvormen van zelfstandige naamwoorden bij voorkeur eindigen in een trochee.

Zie Booij (1998).

Flexie kan tot gevolg hebben dat een woord eindigt op meer dan één onbeklemtoonde syllabe. In bepaalde gevallen kan dit worden vermeden. Als de stam van een bijvoeglijk naamwoord eindigt op ən, dan wordt zo’n adjectief voor een zelfstandig naamwoord niet verbogen:

Zie Booij (1998).

Bij bijvoeglijke naamwoorden met een andere fonologische vorm is dit niet mogelijk. We kunnen bijvoorbeeld niet spreken van *het beter boek in plaats van het correcte het betere boek.