De klankvorm van een woord die in de spelling wordt weergegeven is in principe de fonemische vorm, de reeks fonemen waaruit een woord bestaat. Dat betekent dat allofonische variatie in de realisatie van fonemen niet in de spelling wordt weergegeven. Zo spellen we de o van boot op dezelfde manier als de o van boor, als oo, ook al is de tweede o wat langer (zie paragraaf 1.1.4.3).

De spelling abstraheert van het effect van een aantal fonologische regels. In de eerste plaats worden de effecten van verplichte fonologische regels niet weergegeven, met enkele uitzonderingen voor wat betreft Finale verscherping. Zo wordt in de spelling geabstraheerd van de verplichte fonologische regel van Glijklankinvoeging. De voorspelbare j in een woord als theater tejatər wordt bijvoorbeeld niet gespeld. Dat klopt met het idee van een fonologische spelling, want de j kan in deze positie geen woordonderscheidende functie hebben, en is hier dus geen apart foneem j.

De spelling abstraheert ook van het effect van de fonologische regels van verbonden spraak. Zo worden de effecten van Assimilatie van stem, Assimilatie van articulatieplaats, Degeminatie en klinkerreductie op de uitspraak van een woord in het algemeen niet weergegeven in de spelling.

Je kunt dus zeggen dat de spelling in beginsel de canonieke vorm van een morfeem weergeeft, in lijn met het Beginsel van vormovereenkomst. We spellen bijvoorbeeld het woord banaan altijd als banaan, ook al kan de eerste klinker a van dit woord door klinkerverkorting of klinkerreductie ook als ɑ respectievelijk ə worden uitgesproken. Evenzo spellen we het suffix -zaam altijd met een z, ook al zal de begin-medeklinker van dit suffix in een woord als opmerkzaam doorgaans als s worden uitgesproken ten gevolge van Assimilatie van stem.

De abstractie van het effect van fonologische regels in de spelling van morfemen geldt in het algemeen niet voor regels van morfo-lexicale allomorfie. Het verkleinwoordsuffix kent bijvoorbeeld vijf allomorfen (-tje, -je, -pje, -kje, -etje), die alle vijf verschillend gespeld worden. Daarmee is gegarandeerd dat we de klankvorm van ieder verkleinwoord kunnen bepalen op basis van de orthografische vorm. Zo voldoet de spelling van verkleinwoorden aan de conditie van terugleesbaarheid: de gesproken vorm van een woord moet ondubbelzinnig bepaald kunnen worden op basis van de spelling ervan. We spellen de woorden bloempje en bloemetje bijvoorbeeld niet allebei als bloemtje, omdat we dan niet weten welk van de beide verkleinwoorden is bedoeld. Ook de twee allomorfen van het verledentijdsuffix, -de en -te, worden verschillend gespeld, ook al is die variatie in fonologische vorm voorspelbaar. De regel van stemassimilatie die hier in het geding is, is immers geen zuiver fonologische regel, maar geldt alleen voor de suffixen -te/-de en –t/-d. Als we bijvoorbeeld hoopde zouden schrijven als verledentijdsvorm van het werkwoord hopen, zou dit kunnen leiden tot de onjuiste uitspraak hobdə.Dit uitgangspunt, geen abstractie van morfo-lexicale allomorfie, verklaart waarom we wel het effect van assimilatie van articulatieplaats spellen in een woord als im-populair (im- is een allomorf van het negatieve prefix in-), maar niet in on-populair, waar de n als m wordt uitgesproken krachtens een fonologische regel van nasaal-assimilatie.

Er zijn een paar gevallen van morfo-lexicaal bepaalde allomorfie die niet worden weergegeven in de spelling. Het gaat om woorden die een morfeem delen dat kan uitgaan op t of k:

De regelmaat is dat een t aan het eind van een uitheemse stam voor bepaalde suffixen correspondeert met een s of een ts. De s treedt op voor een suffix van de vorm i of iV… (suffixen als  -ie, -iaan, -ion), op voorwaarde dat er een medeklinker aan s voorafgaat (a); na een klinker krijgen we in deze context ts (b). In woorden als politie en relatie kan de t worden weggelaten: polisi, relasi, en dit gebeurt systematisch in het Belgisch-Nederlands.In de uitspraak van station kan ook de t worden weggelaten, en s en j kunnen dan samen gerealiseerd worden als ʃ: staʃɔn. De morfeem-finale k correspondeert met een s voor het suffix -eer (c).

Het verschil tussen morfo-lexicaal bepaalde allomorfie enerzijds en zuiver fonologisch bepaalde allomorfie en verbonden spraak anderzijds wordt dus grotendeels maar niet volledig verdisconteerd in het spellingsysteem.

In de spelling wordt het effect van Finale Verscherping niet weergegeven bij de stemhebbende plofklanken b en d en bij de stemhebbende wrijfklank ɣ, zoals de volgende woorden illustreren:

De wisseling tussen v en f, en die tussen z en s wordt echter in de spelling wel weergegeven:

Ook in verwante woorden met een velaire fricatief wordt soms toch de fonetische vorm weergegeven, en dus het effect van Finale verscherping. Dat zien we in woordparen als:

waar de finale ɣ van de werkwoordstam stemloos wordt in de coda van de syllabe van het corresponderende zelfstandig naamwoord.

Woordintern mogen doubletten van medeklinkerletters voorkomen wanneer ze deel uitmaken van verschillende lettergrepen, en dus ook in gelede woorden zoals brand-de, rot-te, groot-te, verglaas-sel en fiets-ster. Hier wordt in de spelling geabstraheerd van het effect van de verplichte fonologische regel van Degeminatie, en de woorddelen worden gespeld overeenkomstig het Beginsel van vormovereenkomst. Dit geldt echter niet voor woorden met het suffix -s, het vervrouwelijkend suffix -se (zoals gebruikt in Amsterdam-se), en het superlatiefsuffix -st met een stam die uitgaat op een s zoals verst (vers + -st):

Het weglaten van een tweede s aan het woordeind bij woorden als (iets) fris en in superlatiefvormen als verst kan gezien worden als een gevolg van de grafotactische regel die dubbele medeklinkerletters binnen een lettergreep verbiedt. Deze verklaring geldt niet voor de twee andere gevallen.