De woordenschat van het Nederlands is diepgaand beïnvloed door ontlening van woorden aan het Grieks, Latijn, en Frans. Deze ontlening bracht veel stamallomorfie teweeg die al in de brontalen aanwezig was. Een voorbeeld daarvan is de volgende set van morfologisch verwante woorden met als basiswerkwoord poneren:

In positie, het zelfstandig naamwoord dat hoort bij het werkwoord poneren, zien we de stamallomorf pos- in plaats van pon-. Als we kijken naar positie en de daarbij horende gelede woorden, het werkwoord positioneren en het adjectief positioneel, dan zien we dat het grondwoord, dat in isolatie de vorm positie heeft, voor de uitheemse suffixen -eer en -eel de vorm position- heeft. Het extra stukje -on beschouwen we als deel van het grondwoord, omdat het terugkeert in alle daarvan met een uitheems suffix afgeleide woorden. Deze allomorfie is een aan het Latijn ontleende, omdat deze taal al de alternantie positio/position kende. De vorm op n is de oudste. In het Latijn werd de n aan het woordeinde weggelaten, maar deze bleef woordintern bewaard. Vandaar het volgende patroon in het Latijn:

In het Nederlands werd positio tot positie; de vorm position vinden we in een aangepaste fonetische vorm terug in het Franse position en het Engelse position.

Zoals veel Indo-Europese talen, kent het Latijn het werkwoordsparadigma (een reeks werkwoordsvormen met kenmerken voor getal, persoon en tijd) met meerdere stamvormen, in de Latijnse schoolgrammatica stamtijden gehe­ten: er is een stamvorm voor de tegenwoordige tijd, één voor de voltooide tijd, en één voor het voltooid deelwoord. Die laatste stamvorm werd ook gebruikt voor het afleiden van woorden, bijvoorbeeld met het suffix -io, waardoor we positio ‘plaatsing’ krijgen.

Deze allomorfie vinden we ook terug bij geprefigeerde vormen van poneren en de daarvan afgeleide woorden; de stamvorm posit van het voltooid deelwoord is te zien bij afgeleide nomina op -ie:

Een soortgelijk patroon van stamallomorfie is te vinden bij de werkwoorden ageren, dirigeren, en informeren:

Het hier besproken voorbeeld poneren is betrekkelijk complex, omdat er niet alleen een fonologische regel in het spel is die de slotconsonant van nomina deed verdwijnen, maar ook het systeem van stamtijden.

Wanneer het gaat om van uitheemse basiswoorden afgeleide woorden, vinden we vaak twee allomorfen, een die wordt gebruikt bij uitheemse suffigering, en een tweede die wordt gebruikt voor het woord in isolatie en bij affigering met inheemse affixen (en in samenstellingen):

Dit betekent dat de taalgebruiker van deze woorden twee aparte stamvormen moet onthouden, een speciale die bij uitheemse woordvorming optreedt zoals filtr-, en een vorm als filter die bij alle overige morfologische processen (inclusief flexie) gebruikt wordt.

In sommige gevallen is er een systematisch fonologisch verband tussen de twee allomorfen. Zo is er een aantal woorden met een uitheemse stamvorm eindigend op de consonant­cluster tr, waarmee een vorm op tər correspon­deert:

Het fonologische verband is het volgende: een consonantcluster zoals tr of ɣl kan niet fungeren als de welgevormde coda van een lettergreep. Bij syllabificatie van bijvoorbeeld een vorm als filtr zal de r niet kunnen worden opgenomen in de prosodische structuur, dat wil zeggen: niet tot deel van een syllabe gemaakt. Een stamvorm als filtr- levert geen probleem op als deze vervolgens wordt gesuffigeerd met een klinker-initieel suffix, omdat dan de r samen met de voorafgaande medeklinker het begin van de volgende lettergreep vormt. Dit is bijvoorbeeld het geval bij het woord filtr-aat met de lettergreepverdeling fil.traat. Maar de vorm in isolatie moet voldoen aan de eis van uitspreekbaarheid. Daarom moet er een sjwa worden ingevoegd om zo’n vorm uitspreekbaar te maken, en die vorm is ook de basis voor inheemse woordvorming, zoals in filteren en filterzakje.

In uitheemse stammen zien we ook alternanties tussen s en t, tussen ts en t, en tussen k en s:

De regelmaat is dat een t aan het eind van een uitheemse stam voor bepaalde suffixen correspondeert met een s of een ts. De s en ts treden op voor een suffix van de vorm i of iV… (suffixen als  -ie, -iaan, -ion), op voorwaarde dat er een medeklinker aan vooraf gaat; na een klinker krijgen we in deze context ts. In woorden als politie en relatie kan de t worden weggelaten: polisi, relasi, en dit gebeurt systematisch in het Belgisch-Nederlands. In de uitspraak van station kan ook de t worden weggelaten, en s en j kunnen dan samen gerealiseerd worden als ʃ: staʃɔn. De k aan het eind van een uitheemse stam correspondeert met een s voor een suffix dat met een voorklinker begint.

In uitheemse woorden met velaire nasalen treedt ook stamallomorfie op,

Zie Trommelen (1983:165-6).

met alternanties tussen ŋ en ŋɣ, tussen ŋ en ŋk, en tussen ŋɣ en k:

In het uitheemse deel van onze woordenschat vinden we een groot aantal gevallen van allomorfie die vanuit het gezichtspunt van het Nederlands een onsystematisch karakter vertonen. Er zijn geen fonologische regels die deze allomorfie kunnen voorspellen of verantwoorden. In sommige gevallen wordt het grondwoord ingekort in het ermee corresponderende afgeleide woord, in andere gevallen is de allomorf in het afgeleide woord juist langer; ook doen zich fonologische veranderingen voor:

Als een uitheems woord uitgaat op een klinker, wordt die vaak weggelaten voor een suffix dat met een klinker begint:

Maar in woorden als egoist, maoist en hoboist wordt de klinker van het grondwoord niet weggelaten.

Er zijn twee vormen van allomorfie in uitheemse woorden die een meer systematisch karakter hebben, klinkerverandering in open lettergreep, en klinkerreductie in onbeklemtoonde lettergrepen. We zien klinkerverlenging in een woordpaar als alfabet - alfabetisch, en klinkerreductie in een woordpaar als juweel - juwelier.