In woorden met inheemse prefixen valt de hoofklemtoon van het gelede woord vrijwel nooit op het prefix. Het prefix kan onbeklemtoond zijn, of secundaire klemtoon dragen. Van de onbeklemtoonde prefixen hebben be- bə en ge- ɣə een sjwa als klinker, waardoor ze geen klemtoon kunnen dragen. Voor veel sprekers heeft het prefix ver- vɛr de fonologische vorm vər; dan is dit prefix ook vanzelfsprekend niet beklemtoonbaar door de aanwezigheid van de sjwa:

In de tweede plaats is er een groep prefixen die corresponderen met een zelfstandig optredend woord, maar in gelede woorden een specifieke betekenis bijdragen aan het woord als geheel. De aanhechting van zo’n prefix levert altijd een werkwoord op. Dergelijke prefixen hebben een volle klinker, bestaan soms uit twee syllaben, en vormen op zich een prosodisch woord. Dat merken we ook aan de syllabeverdeling. In een woord als heropenen bijvoorbeeld, valt er een syllabegrens na de r van her-: her.o.pe.nen.

In een meer informele spreekstijl kan de r wel ambisyllabisch worden gerealiseerd.

Dergelijke prefixen dragen wel een secundaire klemtoon.

Veel van deze prefixen corresponderen met een woord dat kan optreden als deel van een scheidbaar samengesteld werkwoord, zoals de voorbeelden van zulke werkwoorden in Tabel 3 laten zien. In de scheidbare variant van zulke werkwoorden draagt het eerste woord de klemtoon, anders dan bij de geprefigeerde werkwoorden. Daardoor hebben we minimale paren met betekenisverschillen zoals:

Zie Booij (2019: Hoofdstuk 7).

De prefixen her-, onder-, en over- dragen de hoofdklemtoon van het werkwoord als de eerste syllabe van het basiswoord geen hoofdklemtoon draagt:

Sommige inheemse prefixen dragen de hoofdklemtoon van het woord. Het zijn zelfstandige prosodische woorden.

Deze geprefigeerde woorden zijn prosodisch gezien samenstellingen, combinaties van twee prosodische woorden. In een nominale samenstelling valt de hoofdklemtoon doorgaans op het eerste prosodisch woord, en dat geldt ook voor de zelfstandige naamwoorden in Tabel 5.