Zowel bij flexie als bij afleiding wordt gebruik gemaakt van de toevoeging van een affix. Het affix -er wordt bijvoorbeeld zowel gebruikt om de vergelijkende trap van een adjectief te vormen (groot-groter), een geval van flexie, als ook om het substantief eter af te leiden van het werkwoord eten, een geval van afleiding. Flexie omvat de verbuiging van naamwoorden (zelfstandige naamwoorden, bijvoeglijke naamwoorden en voornaamwoorden) en de vervoeging van werkwoorden. Bij flexie gaat het om de verschillende vormen die een woord kan hebben. Zo hebben werkwoorden verschillende vormen, waarvan de keuze deels wordt bepaald door de syntactische omgeving: de persoonsvormen, tegenwoordige tijd versus verleden tijd, de deelwoorden en de infinitief. Veel zelfstandige naamwoorden hebben een enkelvouds- en een meervoudsvorm. Adjectieven worden verbogen als ze attributief gebruikt worden.

Het verschil tussen flexie en afleiding wordt wel omschreven met behulp van het begrip lexeem: het woord als lexicale eenheid, geabstraheerd van de verschillende vormen ervan. Je kunt bijvoorbeeld zeggen dat het lexeem ZIN twee vormen heeft, de enkelvoudsvorm zin en de meervoudsvorm zinnen. Maar ONZIN en ZINNIG zijn aparte lexemen (lexemen zijn weergegeven in hoofdletters). Alleen bij afleiding worden nieuwe lexemen gemaakt.

Wat zijn verder verschillen tussen flexie en afleiding? Belangrijk is dat bij flexie de woordsoort niet verandert. Bij afleiding kan dat wel, maar hoeft dat niet.

De onbepaalde wijs en de deelwoorden van een werkwoord hebben wel, naast een werkwoordelijk ook deels een ander karakter, want ze kunnen fungeren als respectievelijk zelfstandige en bijvoeglijke naamwoorden, zoals in het lopen en een gelopen race.

Affigering met het suffix -ig kan bijvoorbeeld woordsoortverandering met zich meebrengen: zin is een zelfstandig naamwoord, maar zinnig een adjectief. In onzin heeft het prefix on- de woordsoort (zelfstandig naamwoord) van het basiswoord gehandhaafd. Dit laat zien dat afleiding niet altijd de woordsoort verandert. Verder is er een bepaalde volgorde van affixen in een geleed woord: flexie-affixen staan aan de buitenkant, afleidingsaffixen aan de binnenkant. Zo staat in het woord zinnige (zoals gebruikt in de woordgroep een zinnige aanpak) het flexiesuffix -e na het afleidingssuffix -ig. In het voltooid deelwoord geblondeerd komt het flexiesuffix d- na het afleidingssuffix -eer.

Er is niet voor ieder geleed woord een basiswoord beschikbaar dat als lexeem in het Nederlands voorkomt. Zo is er geen lexeem specuul dat als basis had kunnen dienen van het woord speculant, en hetzelfde geldt voor de andere zelfstandige naamwoorden in (i). Maar wel is er het volgende patroon: werkwoorden met de stamvorm x+eer correleren met substantieven van de vorm x+ant:

Het morfeem specuul wordt een wortel genoemd, het deel van een woord na aftrek van het affix. De stam van het werkwoord contribueren bestaat uit een (uitheems) prefix con-, een wortel tribu- en een suffix -eer.

Ook de woorden in (ii) die eindigen op -atie hebben geen basiswoord als deelconstituent:

De zelfstandige naamwoorden op -atie in (ii) staan wel in een systematische vorm-betekenisrelatie met de corresponderende werkwoorden op -eren met dezelfde uitheemse wortel. Ze duiden de handeling aan die door het werkwoord op -eren wordt genoemd.

We kunnen de vorming van de zelfstandige naamwoorden op -ant en -atie zien als gevallen van vervanging van het ene suffix (-eer) door het andere (-ant, -atie). Er is dan sprake van affixsubstitutie. Dit komt veel voor bij woorden die ontleend zijn aan het Grieks, het Latijn, en het Frans. Maar ook in de inheemse woordenschat zien we dit verschijnsel, zoals bij de volgende werkwoorden:

In het afgeleide werkwoord zit de betekenis van het met ver- geprefigeerde werkwoord. Zo betekent heroveren ‘opnieuw veroveren’. Een ander voorbeeld van affixsubstitutie is de vervanging van het suffix -er door het vrouwelijke suffix -ster in woorden als padvindster en reizigster, die zijn afgeleid van de woorden padvinder en reiziger.