Bij uitheemse prefixen doet zich klankvariatie voor die niet volgt uit de fonologische regels van het Nederlands. Dat komt omdat deze prefix-allomorfen ontleend zijn aan het Latijn, waarbij de allomorfie uit het Latijn behouden is gebleven. Dit geldt bijvoorbeeld voor het Latijnse prefix in-, dat niet alleen de bij nasale consonanten heel gebruikelijke assimilatie van articulatieplaats vertoont, maar ook totale assimilatie voor l en r, met als gevolg dat er prefix-allomorfen il- en ir- zijn, zoals in il-legaal en ir-rationeel. Naast het prefix in- vertoont ook het Latijnse prefix con- allomorfie. Het prefix in- zoals gebruikt in in-adequaat is een negatief prefix, en con- heeft (net als co-) de betekenis ‘samen’. De slotconsonant van het prefix past zich geheel of gedeeltelijk aan bij de beginmedeklinker van het grond­woord.

In het Latijn is er dus een proces van assimilatie van articulatieplaats van nasale medeklinkers dat radicaler is dan de Nederlandse tegenhanger: de slot-n van deze prefixen paste zich niet alleen aan de articulatieplaats van de volgende medeklinker aan, maar werd ook gelijk aan een volgende l of r (vergelijk het woord on-redelijk, met het prefix on- dat uitgaat op een n, maar niet als ɔredələk wordt uitgesproken, met het woord cor-relatie). In de spelling wordt dit ook mooi uitgedrukt: het effect van de nasaalassimilatie in deze Latijnse prefixen wordt in de spelling weergegeven, maar het effect van de gewone Nederlandse nasaalassimilatie op een prefix als on- niet: we schrijven impopulair maar onpartijdig en input, hoewel ook in de laatste twee woorden de n vaak als m wordt gerealiseerd. Dit verklaart ook waarom we bij samentrekking de letter m krijgen in im- en export, maar niet bij in- en output.

Het prefix con- kent ook een allomorf co-. Deze allomorf wordt gebruikt als de stam van het gelede woord met een klinker begint, zoals in co-educatie en co-operatie. Het prefix co- wordt echter niet alleen voor klinkers gebruikt, maar komt in meer recent gevormde woorden ook voor medeklinkers voor, zoals in co-promotor.

Soortgelijke aan het Latijn en Grieks ontleende assimilatie-effecten vinden we bij de Latijnse prefixen ad-, sub- en het Griekse prefix syn-:

Dat we ons van de allomorfie in deze laatste voorbeelden nauwelijks of niet bewust zijn, komt natuurlijk doordat we de meeste van deze woorden niet als geleed ervaren: de betekenis is niet afleidbaar op basis van de samenstellende delen, en het grondwoord bestaat vaak niet als zelfstan­dig woord. De assimilatie doet zich niet voor bij woorden die in het Nederlands zijn gevormd met deze prefixen. Dat zien we goed bij het prefix sub- dat productief is in het huidige Nederlands: in woorden als sub-cultuur, sub-doel en sub-groep blijft de b gehandhaafd.

Als volledige assimilatie heeft geleid tot een dubbele medeklinker, zoals in illegaal en irrationeel, dan wordt er slechts één consonant uitgesproken, overeenkomstig de regel van Degeminatie. Dit resulteert in fonetische vormen zoals ɪləɣal en ɪratsijonel.

Andere gevallen van allomorfie bij uitheemse prefixen zijn te zien bij het uit het Grieks afkomstige prefix a-/an- en het Latijnse prefix de-/des-. De allomorfen die op een vocaal eindigen worden gebruikt als het grondwoord met een medeklinker begint (a-sociaal, de-motivatie), en de consonant-finale allomorfen treden op voor een grondwoord dat met een klinker begint (an-organisch, des-integratie). Op zo’n manier wordt de botsing tussen twee klinkers in een woord vermeden.