Voor de klankopbouw van Nederlandse woorden zijn drie prosodische categorieën van belang: de lettergreep, de voet, en het prosodisch woord. Een of meer lettergrepen vormen een voet, en een of meer voeten een prosodisch woord. Deze drie prosodische categorieën vormen dus een prosodische hiërarchie. Het woord domineetje bijvoorbeeld bestaat uit vier lettergrepen, die twee voeten vormen, domi en neetje, tezamen op hun beurt één prosodisch woord vormend. De prosodische structuur van dit woord kan als volgt worden weergegeven:

De vier lettergrepen in dit woord vormen twee trocheeën. Een trochee is een voet waarvan de eerste lettergreep klemtoon draagt. Van de beide trocheeën in domineetje is het de eerste die de hoofdklemtoon draagt, en daarom valt de hoofdklemtoon in dit woord op de eerste lettergreep do.

Een andere manier om deze prosodische structuur weer te geven is door middel van een structuur met gelabelde haakjes:

Het symbool σ staat voor syllabe, het symbool V voor voet, en het symbool ω voor prosodisch woord.

De derde hier genoemde prosodische categorie is die van het prosodisch woord, ook wel fonologisch woord genoemd. Het begrip prosodisch woord moet onderscheiden worden van het begrip grammaticaal woord omdat grammaticale woorden uit meer of minder dan een prosodisch woord kunnen bestaan. Het woord goudader bijvoorbeeld is een samenstelling, en telt in de morfologie en de syntaxis als één grammaticaal woord. Maar prosodisch bestaat het uit twee woorden, goud en ader. Dit blijkt onder meer uit de lettergreepverdeling goud.a.der. Als dit woord één prosodisch woord zou zijn, dan verwacht je de lettergreepverdeling gou.da.der. Omgekeerd zijn er ook grammaticale woorden die geen prosodisch woord zijn, omdat ze geen volle vocaal bevatten, zoals de lidwoorden de də en een ən. Zulke woorden combineren met een aangrenzend woord tot een prosodisch woord.

Ook fonologische regels die variaties in de fonetische vorm van morfemen veroorzaken hebben fonotactische relevantie. Een voorbeeld hiervan is de regel van Finale Verscherping: aan het eind van een syllabe zijn obstruenten (plof- en wrijfmedeklinkers) stemloos. Deze regel impliceert dat woordinterne plof- en wrijfmedeklinkers aan het eind van een lettergreep alleen maar stemloos kunnen zijn. Het woord Abner wordt als volgt in lettergrepen verdeeld: ɑb.nɛr, omdat bn- geen mogelijk begin van een lettergreep is. Omdat de b aan het eind van een lettergreep staat, wordt deze als p uitgesproken, en het woord Abner als ɑp.nɛr. Een ander voorbeeld: omdat dn- geen mogelijk lettergreepbegin is, wordt het woord ordner als volgt in lettergrepen verdeeld: ɔrd.nər, en dus uitgesproken als ɔrt.nər. Dit laat zien dat de regel van Finale Verscherping een algemene regelmaat uitdrukt over de fonotaxis van het Nederlands.

Een tweede voorbeeld van de fonotactische rol van fonologische regels is dat het Nederlands geen geminaten (dubbele medeklinkers) kent: als twee identieke medeklinkers op elkaar botsen, wordt er één verwijderd, zoals in het woord grootte dat wordt uitgesproken als ɣrotə. Deze regel van Degeminatie impliceert tegelijkertijd dat binnen een prosodisch woord identieke consonanten niet op elkaar kunnen volgen. Er zijn in het Nederlands geen woorden als krɔt.tən, waarbij de eerste syllabe eindigt met dezelfde consonant als waarmee de tweede syllabe begint. De fonologische vorm van het woord krotten is krɔtən, met een enkele t. De spelling met twee letters t wordt gebruikt om aan te geven dat de voorafgaande klinker ongespannen is. Fonologische regels dragen dus bij aan de definitie van de notie ‘welgevormd woord van het Nederlands’.