De spelling van veel woorden is afwijkend van het standaard-spellingsysteem, doordat de historische afkomst van klanken en woorden een rol speelt in de orthografische weergave. Dat geldt zowel voor inheemse woorden als voor uitheemse woorden. Bij inheemse woorden zijn er bijvoorbeeld verschillende spellingen voor de tweeklanken, ei of ij, en ou of au, die corresponderen met vroegere klankverschillen. Daarnaast wordt voor persoons- en familienamen en bij geografische namen vaak een oudere spelvorm gebruikt, met afwijkingen van de huidige spellingregels.

De rol van etymologie in de spelling van inheemse woorden zien we in het bestaan van meerdere spellingen voor twee van de drie tweeklanken:

De ei correspondeert o.a. met vroegere uitspraken van ɛi als e of ɑi, zoals in respectievelijk klein en leiden. De ɛi gespeld als ij correspondeert met de klank i in oudere taalfasen van het Nederlands. Zo werd het werkwoord lijden vroeger uitgesproken als lidən. Ook de ij in suffixen -ij en -erij correspondeert met een vroegere i.

De voorloper van -erij, het suffix -erie vinden we ook in later gevormde woorden als braderie en baderie.

De spelling ou wordt gehanteerd in alle woorden met de klankreeks ɔut of ɔud, zoals hout, goud en koud. Aan het eind van een woord wordt ouw gespeld, tenzij een woord met zo’n tweeklank aan het eind correspondeert met een langere vorm op oude, zoals kou, dat correspondeert met koude.

Een uitzondering is de spelling van het persoonlijk voornaamwoord jou dat zonder finale w wordt gespeld. Het gelijkluidende bezittelijk voornaamwoord wordt wel als jouw geschreven.

De als ou gespelde tweeklank correspondeert historisch met ɔl, zoals in het woord holt, een woord dat we nog kunnen herkennen in geografische en familienamen zoals Holten en Ten Holt.

De au correspondeert met de vroegere klankreeks aw. Een woord als blauw correspondeert dus met een oudere vorm blaw. Daardoor vinden we au in inheemse woorden altijd aan het eind van een woord, en gevolgd door de w. Een woordfinale au zonder een erop volgende w vinden we alleen in leenwoorden zoals kenau en Warschau.

De spelling van de sjwa, die in principe als e wordt gespeld, weerspiegelt ook vaak de historische oorsprong van deze klinker of het feit dat een woord uit een andere taal afkomstig is:

Het suffix -lijk komt van het woord lik, een zelfstandig naamwoord dat ‘lichaam’ betekent. Ook het suffix -isch heeft een etymologisch bepaalde spelling; het stamt af van het Duitse suffix -isch. Het lidwoord een is een verzwakte vorm van het telwoord een met de klankvorm en.

De weerspiegeling in de spelling van de geschiedenis van een woord vinden we ook in woorden waar een van de letters niet met een klank correspondeert.